Być może najbardziej intrygującą zagadką pozostanie to, w jaki sposób wznoszono budowle w Machu Picchu. Powstały one bez użycia żelaznych narzędzi, zwierząt pociągowych i kota. Wykonano je z granitowych bloków przylegających do siebie tak idealnie, że nie sposób wcisnąć między nie ostrza noża. Perfekcyjnie wyszlifowana powierzchnia kamieni sprawia, że trzymają
się stabilnie przez setki lat bez jakiejkolwiek zaprawy murarskiej. Budynki gospodarcze i skromne domy nie byty wykańczane z taką pieczołowitością, co jest widoczne w ubytkach murów i ich pęknięciach. Biorąc jednak pod uwagę niszczące działanie dżungli porastającej kamienne bloki przez wiele wieków, uszkodzenia te wydają się i tak bardzo małe. Łatwo wyróżnić dwie części położonego na wierzchołku góry, niczym orle gniazdo, Machu Picchu. Pierwszą, rolniczą, tworzą okalające całe miasto tarasy uprawne, położone nawet na najmniejszych skrawkach powierzchni; sprawiają one wrażenie przyklejonych do stromych zboczy i mają innowacyjny system irygacyjny. Indianie uprawiali na nich kukurydzę, ziemniaki, a także warzywa i zboże. Ziemię pod uprawę przynoszono prawdopodobnie na plecach z pobliskiej doliny rzeki Uru-bamba. Szacuje się, że te poletka mogły wyżywić nawet kilkadziesiąt tysięcy ludzi. W prostej zabudowie mieszkali robotnicy, rolnicy i żołnierze. Wszystkie najważniejsze budowle ulokowane są w wyższych partiach wzniesienia, w tzw. sektorze miejskim, podzielonym obszernym placem na część wschodnią i zachodnią.